Родился 20 января 1925 г. в д. Ташенка Касимовского у. Рязанской губ. (ныне Касимовский р-н) в крестьянской семье. В 1940 г. окончил 7 классов. 8 января 1943 г. призван в Красную Армию Касимовским РВК. С того же года на фронте. Окончил школу мл. командиров, назначен наводчиком орудия танка Т-34. Участник Уманско-Ботошанской, Люблин-Брестской, Варшавско-Познанской наступательных операций.

С ноября 1944 г. - гв. ст. сержант, наводчик орудия танка 47-й гв. танк. бригады (9-й гв. танк. корпус, 2-я гв. танк. армия, 1-й Белорусский фронт). Отличился во время Варшавско-Познанской операции в январе 1945 г.

Из наградного листа: "... В совершенстве овладев своей специальностью, тов. Агафонов в боях за города Груец, Мщонув, Жирардув, Сохачев, Бромберг, действуя в разведке, наносил большие потери противнику и расчищал дорогу батальону, сам оставаясь невредимым. Метким огнем из орудия тов. Агафонов лично уничтожил 6 пушек, 7 гранатометчиков с "Фауст-патронами", 5 крупнокалиберныхпулеметов, 3 ПТР, 16 автомашин с военными грузами, 50 подвод с лошадьми и до роты гитлеровцев..."

Звание Героя Советского Союза присвоено 27 февраля 1945 г.

В одном из последующих боев был тяжело ранен и скончался 5 мая 1945 г. Похоронен в г. Калининграде.

Награжден орденами Ленина, Красной Звезды. Одна из улиц г. Касимова носит его имя.