Родился 21 марта 1911 г. в уездном г. Ряжске Рязанской губ. в семье рабочего. Семья переехала в г. Егорьевск (ныне Московской обл.), где Сергей окончил 7 классов. Учился на курсах по подготовке в институт в г. Москве. По комсомольской мобилизации направлен на работу в деревню. В 1929-1930 гг., по возвращении в Ряжск, работал в Ряжском райкоме комсомола в должности инструктора по военно-физкультурной работе. С 1930 по 1933 г. работал в г. Москве на трикотажной фабрике им. Баумана.

В 1933 г. призван в Красную Армию. Срочную службу проходил в Подмосковье водителем в танк. бригаде им. Калиновского. В 1936 г. окончил Орловскую бронетанк. школу в звании лейтенанта. С 1936 г. – слушатель Военной акдемии механизации и моторизации РККА. Участвовал в гражданской войне в Испании 1936-1939 гг., воевал с октября 1936 г. под городами Сесиньей, Мадридом, Гвадалахарой, Теруэлем. В октябре 1937 г. командир танк. взвода Лапутин в бою у населенного пункта Фуэнтес-де-Эбро (26 км юго-восточнее г. Сарагоса) был окружен и в течение 1 суток отстреливался, затем вместе с экипажем сумел вырваться из окружения. Член ВКП(б) с 1937 г.

Звание Героя Советского Союза присвоено 14 марта 1938 г.

В том же году стал слушателем Военной академии бронетанк. и механизированных войск, которую окончил с отличием накануне Великой Отечественной войны в звании капитана.

В конце мая 1941 г. прибыл к месту службы на западную границу, под г. Белосток на должность командира танк. батальона. На 3-й день Великой Отечественной войны после ранения командира полка заменил его. С боями полк продвигался на восток. Во время прорыва из окружения танковая колонна Лапутина подверглась авиационному налету противника. Был подбит головной танк. Члены экипажа убиты, командир контужен. Его подобрала отступающая пехота. Бойцы, не имевшие возможности выйти из окружения, организовали партизанский отряд, который вошел в объединение партизанских отрядов Навлинского р-на Брянской обл. Майор Лапутин возглавил штаб объединения, занимался разработкой, организацией и проведением партизанских операций по уничтожению немецких и полицейских гарнизонов, подрыву и захвату ж.-д. эшелонов. В 1942 г. становится начальником штаба Северного боевого участка партизан Орловской обл.

Последние 2 года войны преподавал на курсах по подготовке офицерских кадров для танковых войск в Москве, затем в г. Горьком (ныне г. Нижний Новгород).

В 1951 г. окончил Военную Академию Генштаба, служил в МО СССР. С 1960 г. полковник Лапутин - в запасе. Жил в г. Москве. Работал в оборонном обществе ДОСААФ. Принимал участие в подготовке команд по военно-техническим видам спорта.

Награжден орденом Ленина, 2 орденами Красного Знамени, орденами Отечественной войны 1-й степ., Красной Звезды, медалями.

Умер 1 апреля 1985 г. в г. Москве. Именем Лапутина названа одна из улиц г. Ряжска.