Родился 2 февраля 1922 г. в с. Ловцы (по другим сведениям,с. Ловецкие Борки) Зарайского у. Рязанской губ. (ныне Луховицкий р-н Московской обл.) в крестьянской семье. Образование начальное. Трудился в колхозе.

В августе 1941 г. призван в Красную Армию. Боевое крещение получил в феврале 1942 г. в районе г. Сухиничи Калужской обл. Воевал на Западном, Брянском, 3-м Белорусском фронтах. В 1943 г. за поддержку минометным огнем ведущей разведку боем роты награжден медалью «За боевые заслуги». Осенью того же года под г. Брянском уничтожил несколько пулеметов противника и поддержал огнем стрелковую роту при форсировании р. Десны, за что награжден медалью «За отвагу». Член ВКП(б) с 1943 г.

Особо отличился при освобождении Белоруссии и в боях на территории Восточной Пруссии. Летом 1944 г. советские войска окружили под г. Витебском крупную группировку противника. Отдельные немецкие части пытались прорваться из окружения. 21-23 июня близ населенного пункта Остров Юрьев (15 км севернее г. Дубровно Витебской обл., Белоруссия) минометчики Зилотина были атакованы немецкими солдатами. Командир минометного расчета 95-го гв. стр. полка (31-я гв. стр. дивизия, 11-я гв. армия, 3-й Белорусский фронт) гв. сержант Зилотин поднял бойцов расчета в атаку, в ходе которой автоматным огнем и гранатами было истреблено 7 немецких солдат. 18 августа 1944 г. награжден орденом Славы 3-й степ.

В середине июля 1944 г. полк, в котором воевал Зилотин, с боем форсировал р. Неман. Расчет Зилотина в первые же часы боя уничтожил 4 пулеметные точки противника, Зилотин лично огнем из автомата уничтожил четырех солдат и взял в плен унтер-офицера. Участвуя в Восточно-Прусской операции, 23 января 1945 г. в бою при форсировании р. Прегель в районе населенного пункта Велау (Восточная Пруссия, ныне пос. Знаменск Гвардейского р-на Калининградской обл.) гв. ст. сержант Зилотин, командуя бойцами, из миномета уничтожил пулемет с расчетом и около 10 гитлеровцев. Был ранен, но остался в строю. 30 января при отражении контратаки подавил 3 огневые точки и поразил свыше отделения вражеской пехоты. 30 марта 1945 г. награжден орденом Славы 2-й степ.

При прорыве обороны противника на подступах к г. Кенигсбергу (ныне г. Калининград) 6 апреля 1945 г. Зилотин, командуя расчетом, уничтожил свыше 50 вражеских солдат. 7 апреля в бою за пригород Кенигсберга Понарт расчет Зилотина разбил дом, откуда вел огонь пулемет противника. При форсировании р. Прегель в районе Кенигсберга миномет Зилотина уничтожил два станковых пулемета противника. При отражении контратаки на ее левом берегу Зилотин лично ручной гранатой уничтожил 5 немецких автоматчиков, стрелявших из укрытия. Ведя автоматный огонь, минометчики не допустили прорыва фашистов. 29 июня 1945 г. «за образцовое выполнение заданий командования в боях с немецко-фашистскими захватчиками» Зилотин награжден орденом Славы 1-й степ. Закончил войну в районе г. Пиллау (ныне г. Балтийск Калининградской обл.).

В октябре 1945 г. старшина Зилотин демобилизован. Жил в с. Ловцы. Работал животноводом в совхозе «Приокский» (ранее колхоз «Красная пойма») Луховицкого р-на. Активно участвовал в общественной жизни села, неоднократно выступал перед учащимися местной школы. Вместе с женой Александрой Алексеевной воспитал двух сыновей.

Награжден медалями, в т. ч. «За доблестный труд. В ознаменование 100-летия со дня рождения В.И. Ленина».

Умер 8 марта 2001 г., похоронен на сельском кладбище с. Ловцы.

На здании школы, где учился Михаил Николаевич Зилотин, установлена мемориальная доска.